창립총회에서는 한국고고학회의 목적을 '고고학연구를 통하여 민족, 문화, 사회, 국가발전에 기여한다(회칙 제2조)'로 설정하고 이를 위해 학회에서는 학보간행, 연구발표회의 개최, 공동조사사업을 활발하게 전개하기로 하고, 이러한 사업이 회원전원의 적극적 참여와 노력으로 이루어지기 위하여 임원들의 임기를 1-2년으로 限定하고 학회사무실도 임원개편 시마다 바꾸기로 결정하였다.

제1대 회장으로는 1993년 作故하신 三佛 金元龍선생(서울대학교 : 76.8.28∼77.12.31)이 선발되었고
이후 제4·제5대(80.2.6∼83.11.6) 회장으로 재임하는 동안 학회가 한국을 대표하는학회로 발전할 수 있는 큰 밑바탕이 되어 주셨다.

제2대 金廷鶴(부산시립박물관 : 78.1.1∼78.11.5), 제3대 尹武炳(충남대학교 : 78.11.6∼80.2.5), 제4·5대 金元龍(서울대학교 : 80.2.6∼83.11.6), 제6·7대 韓炳三(국립중앙박물관 : 83.11.7∼87.11.8), 제8대 黃龍渾(경희대학교 : 87.11.9∼88.11.6), 제9대 尹容鎭(경북대학교 : 88.11.7∼2.16∼93.2.5), 제10대 林炳泰(숭실대학교 : 90.2.1∼91.12.15), 제11대 尹世英(고려대학교 : 91.1명대학교 : 98.1.8∼99.12.31), 제12·13대 金秉模(한양대학교 : 93.2.6∼95.12.31), 제14대 任孝宰(서울대학교 : 96.1.1∼98.1.7), 제15대 金鍾徹(계90.1.31),  제16·17대 鄭澄元(2000.1.1∼2002.12.31), 제18·19대는 李白圭(2003.1.1 ~ 2005.12.31), 제20대는 崔秉鉉(2006.1.1 ~ 2007.12.31), 제21대는 李健茂(2008.1.1 ~4. ), 제22대는 李康承(2008.5 ~ 2009. 12.31), 제23대는 申敬澈(2010.1.1.~2011.12.31), 제24대는 李熙濬(2012.1.1 ~ 2013.12.31),  제 25대는 崔盛洛(2014.1.1.~2015.12.31), 제 26대는 李南珪(2016.1.1.~2017.12.31.), 제27대는 李淸圭(2018.1.1.~ 2019.12.31.)선생이 학회를 맡아 주셨으며, 제 28대는 朴淳發 선생이 학회를 맡고 있다.